Уже с первых дней Великой Отечественной войны начались налеты немецкой авиации на город. Эффективная эксплуатация водопровода осложнилась, а уже с 9 июля начались методичные обстрелы водопроводной станции «Днестр». Несмотря на то, что участились массированные налеты вражеской авиации на город, деятельность водопровода не останавливалась. Только после событий августа 1941 года в городе было объявлено осадное положение. Уже 11 августа водопроводная станция Днестр была приостановлена, однако шахтные колодцы на предприятиях были приведены в рабочее состояние. Также были очищены все старые цистерны в городе.
Альтернативное водоснабжение не могло в полном объеме обеспечить город водой, в результате в спешном порядке началось бурение новых скважин. В сентябре 1941 года была введена карточная система на пользование питьевой водой в городе — на одного человека выделялось примерно полведра в день. Во время оккупации водопроводная станция «Днестр» работала крайне нерегулярно, а в некоторые дни и вовсе останавливалась. Водопроводная вода смогла поступать в город только в середине сентября 1944 года, до этого времени в городе было достаточно сложное положение и администрация города строго следила за тем, чтобы питьевая вода использовалась только по прямому назначению.
С тех пор в городе были открыты альтернативные скважины, началось усиленное строительство бюветов. В первое время вода выдавалась по карточкам, позднее воду можно было брать бесплатно. На территории Одессы и сейчас действуют множество бюветов с питьевой водой, которые уже не раз спасали жителей города при аварийной ситуации водопровода.